Fondata nel 1990 allo scopo di promuovere e realizzare studi e ricerche nei settori delle neuroscienze cliniche, Medicina delle Cefalee in primo luogo, la Fondazione CIRNA ONLUS - acronimo di Centro Italiano Ricerche Neurologiche Avanzate (in origine Applicate) - è stata riconosciuta dal Ministero della Salute (D.M. 2 Febbraio 1995; G.U. n. 66/20 Marzo 1995). Dal 3 marzo 2009, la Fondazione è iscritta all’Anagrafe Unica delle ONLUS (organizzazioni non lucrative di utilità sociale). Il suo scopo primario è l'esclusivo perseguimento di finalità di solidarietà sociale nel campo delle neuroscienze, attraverso il trasferimento (ricerca traslazionale) dal laboratorio al paziente (e viceversa) delle più recenti acquisizioni di neurologia funzionale, in particolare a riguardo dello sviluppo di strategie innovative rivolte alla "prevenzione, diagnosi, cura e riabilitazione delle cefalee e dei disordini dei comportamenti adattativi.

La Fondazione mira, inoltre, a incentivare la diffusione di informazioni riguardanti l'universo delle sindromi cefalalgiche: primarie (idiopatiche), secondarie (sintomatiche), comorbide (associate).